全台首學
主後一八六五年，英國長老教會差遣馬雅各醫生（Dr. James Maxwell)來台佈道。因有感於培養本地宣教人才之需要，乃於一八六九年在台南二老口醫館之禮拜堂開辦「傳道者速成班」，嗣後在台南及高雄旗后亦成立「傳教者養成班」為台南神學院前身；自一八七六年合併而創辦了「台南大學（神學校)」。第一任校長巴克禮牧師（Rev. Dr. Thomas Barclay)，學生只有十數名、教師三名、教室一座、宿舍一棟（可容十五人)，本院由是而誕生了。
研發單位
- 台灣公共神學研究中心
- 台灣基督教與文化研究中心
- 語言中心
- 教牧進修
- 推廣教育中心