一九一三年改校名為台南神學校,一九二五年巴博士退休,由宣教師滿雄才牧師(Rev. W.E. Montgomery)任校長,一九二八年六月舉行五十週年校慶,並於翌年增設女生部,分初、高等二科。
一九四○年,太平洋戰爭爆發。日本政府對福音聖工的干涉日趨露骨,迫學校任用日人為校長。本校校長與教界各方經長久討論,及謹慎思考後,咸認「寧為玉碎,不為瓦全」,遂於九月,忍痛閉校,男女生各十名轉學他校,含淚道別,此次停辦達八年之久。
一九四五年戰爭結束,滿雄才牧師再度返台,經三年籌備,於一九四八年經斗六舉行的南部大會全體議員滿場一致通過復校,更改校名為台南神學院,招考高中畢業生修業四年。翌年滿院長退休,黃彰輝牧師繼任為院長,安慕理牧師任副院長,本繼往開來之精神,盡瘁於建設,自一九五六年起延長神學科為六年,並開設神學研究所,又將基督教教育科延為三年制。