教會音樂碩士班畢業總學分數為48學分。

其中基督教思想必修課程6學分、術科4學分(鍵盤、合唱指揮、聲樂及音樂與禮拜)及研究方法與畢業論文共6學分。

另外，專業選修共計32學分中，有教堂詩班、司琴學、合唱指揮等教會音樂服事之專業課程，培育教會音樂服務人才。